腐植酸肥料由三种物质组成：黄腐酸、褐腐素、黑腐素。黄腐酸又叫富里酸，具有强酸性，能腐蚀矿物质！使得土壤难容的矿物质容易溶解！像是磷、钾、铁、钙、镁、锰等，主要是利于植物吸收。它可以使土壤单粒结构变为结构，使土壤颗粒变成一个个保水保肥的小水库和肥料库，从而提高了土壤保水、保肥能力，增加了土壤空隙，提高了土壤空气含量。
根据田间实际情况施用。对含硫高的土壤和水田，不宜施用生物菌肥。
根据温湿度情况施用。菌肥施用的温度是25℃～37℃，低于5℃、高于45℃，施用效果较差。同时还应掌握固氮菌适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤温度为适宜。
不和其他农药混用。千万不要和杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如硫酸钾等混用，因为他们很容易杀死生物菌。
与化肥混用时化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碱性肥料和生理碱性肥料混用。
不要立即全部替代其他肥料。对于多年来用化肥的田块，施用了生物菌肥后不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此其取代量应做到、第二、第三年分别取代30%、40%、60%。
提早施用。生物菌肥不是速效肥，因此要在蔬菜的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果。
腐植酸厂家指出腐植酸有机肥好处是：因为有机肥只有有氧代谢才能产生腐植酸，而我们平时所施的肥如水猪粪、人粪尿为液体状，分解过程都是属嫌气性细菌的缺氧分解，不仅不能产生腐植酸，而且还产生甲烷、硫化氰等有害物质，改变这种状况和办法是必须施充分腐熟的有机肥。
